Episode Three завершает историю, начало которой было положено в Half-Life 2. Сюжет игры повествует о дальнейших приключениях физика Гордона Фримена в войне человечества против инопланетной организации, именуемой Альянсом.

Игра разрабатывается на основе модифицированной версии движка Source. Среди новых возможностей движка: HDR-рендеринг, улучшенная лицевая анимация, очень реалистичная физика и усовершенствованное освещение и затемнение.

Менеджер по связям с общественностью Даг Ломбарди (Doug Lombardi) заявил в своём интервью, что Half-Life не закончится третьим эпизодом. По словам Дага Ломбарди, игра станет больше, чем ранее выпущеные эпизоды, также задержка выхода связана с выпуском игры Left 4 Dead.В конце Episode Two главные герои Гордон Фримен и Аликс Вэнс просматривают видеопослание, записанное двойным агентом, работающей как на Сопротивление, так и на Альянс — Джудит Моссман. В нём Моссман сообщает об обнаружении затерянного научно-исследовательского судна «Борей», на борту которого предположительно находится опасная новая технология, разработанная в Лаборатории исследования природы порталов.

Согласно данным издания часть действия Half-Life 2: Episode Three, вероятнее всего, будет происходить на борту «Борея», куда Гордон Фримен будет отправлен с целью отыскать технологию раньше, чем до неё доберётся Альянс.

В книге Half-Life 2: Raising the Bar «Борей» упоминается как «затерянный во льдах исследовательский корабль». Изначально «Борей» был частью истории Half-Life 2, но в процессе разработки его вырезали из игры.

В октябре 2008, директор по маркетингу Doug Lombardi заявил, что разработка третьего и финального эпизода Half-Life 2 займет больше времени, чем создание Episode One и Episode Two.
Сейчас дата выхода перенесена на конец года.